拆除违章建筑的部门包括：
县级以上地方人民政府土地行政主管部门，即国土资源管理局。该部门有权代表国家行使土地管理权，对违法占地建设行为享有查处权，可以依法作出处罚决定，责令限期改正、治理、停止施工或责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
县级以上地方人民政府城乡规划主管部门，即城乡规划局。该部门有权对城市规划区内违反规划建设行为和非法临时建设（建筑）进行查处，可以作出责令停止建设、限期改正、罚款、限期拆除及没收实物或者违法收入等行政处罚。若当事人不按照处罚决定要求停止建设或拆除，城乡规划局需要向建设工程所在地县级以上地方人民政府提出申请，由县政府责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
乡（镇）人民政府。乡（镇）人民政府是乡、村庄规划区内违反规划建设的行为查处主体，可以依法组织强拆。
工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门，即住房和城乡建设局（委）。该部门有权对违法建设行为进行查处，并可以采取相应的行政处罚措施，包括罚款和限期拆除等。
总结来说，拆除违章建筑涉及多个部门，具体职责如下：
国土资源管理局：负责违法占地建设的查处和处罚。
城乡规划局：负责城市规划区内违法建设的查处和处罚。
乡（镇）人民政府：负责乡、村庄规划区内违法建设的查处和强拆。
住房和城乡建设局：负责工程所在地的违法建设查处和处罚。
建议涉及违章建筑的问题时，相关当事人应及时与上述部门联系，了解具体处理流程和法律责任，以免造成更大的损失。
